feat(plan-phase): --research-phase flag + scrub stale slash-command refs (#3042, #3044) (#3045)

* feat(plan-phase): --research-phase flag absorbs deleted /gsd-research-phase + scrub stale refs (#3042, #3044)

#3042 (orphaned research-phase): /gsd-research-phase had a workflow file
but no slash-command stub. Rather than restore the orphan, the research-
only capability is now a flag on /gsd-plan-phase:

  /gsd-plan-phase --research-phase <N>

When set, the workflow scopes to phase N, runs the research step (Section
5 of the existing plan-phase workflow), then early-exits before the
planner/plan-checker/verifier chain.

Per RCA against the deleted standalone, the flag adds two modifiers to
fully cover the original surface (Option B from the RCA discussion):

- --view : print existing RESEARCH.md to stdout, no spawn. Cheapest mode
  for the correction-without-replanning loop the issue reporter
  explicitly called out. Errors with a clear hint if RESEARCH.md is
  missing.
- --research : reuse the existing "force re-research" semantics. In
  research-only mode this skips the existing-RESEARCH.md prompt and
  re-spawns unconditionally.
- Neither flag, RESEARCH.md exists : prompt update/view/skip. Mirrors
  the deleted standalone's existing-artifact menu (#3042 RCA).

#3044 (stale slash-command refs): scrubbed five deleted commands from
all user-facing surfaces, including English docs, 4 localized doc sets
(ja-JP, ko-KR, zh-CN, pt-BR), workflows, templates, and references.

  /gsd-check-todos          → /gsd-capture --list
  /gsd-new-workspace        → /gsd-workspace --new
  /gsd-status               → /gsd-progress
  /gsd-plan-milestone-gaps  → table rows / orphan sections removed
                              (PR #3038 only scrubbed workflows/agent;
                              missed the docs surfaces this PR covers)
  /gsd-research-phase       → /gsd-plan-phase --research-phase

Includes a fix to docs/issue-driven-orchestration.md (PR #3036)
which itself referenced /gsd-new-workspace 4 times — self-correction.

Removed:
- get-shit-done/workflows/research-phase.md (orphan, capability
  absorbed into --research-phase flag)

Tests:
- tests/bug-3042-3044-research-flag-and-stale-refs.test.cjs — 46
  structural-IR tests across both bugs:
  - argument-hint advertises --research-phase + --view
  - workflow parses --research-phase, sets RESEARCH_ONLY,
    early-exits before planner
  - --view prints RESEARCH.md without spawning
  - --research forces refresh in research-only mode
  - existing-RESEARCH.md prompt path with update/view/skip
  - workflows/research-phase.md is removed
  - 5 deleted slash-commands absent from 17 English user-facing
    surfaces + 16 localized doc surfaces (4 locales × 4 docs each)
  - replacement command tokens present where deleted ones lived

6950/6950 full suite pass. Lints clean.

Closes #3042
Closes #3044

Co-Authored-By: Claude Opus 4.7 <noreply@anthropic.com>

* fix: address all 8 CR findings on PR #3045

Major (3):
- get-shit-done/workflows/plan-phase.md:344 — added explicit early-exit
  guard at Section 5.1: "Skip if RESEARCH_ONLY=true". Without it, an LLM
  could fall through "use existing, skip to step 6" → planner spawn,
  violating the research-only contract. The guard makes the early-exit
  unreachable from any non-research-only branch.
- get-shit-done/references/continuation-format.md (3 examples) +
  zh-CN/.../continuation-format.md (3 examples) — pointed to
  `/gsd-plan-phase --research-phase` but docs/COMMANDS.md didn't
  document the flag. Added a full --research-phase + --view + --research
  modifier section to the /gsd-plan-phase flag table in COMMANDS.md so
  the canonical reference matches the continuation examples.

Minor (5):
- docs/FEATURES.md:1632 — `/gsd-plan-phase --research-phase` →
  `/gsd-plan-phase --research-phase <N>` (include required arg).
- get-shit-done/templates/README.md:46 — NN-VALIDATION.md producer
  reverted from `/gsd-plan-phase --research-phase` (Nyquist) to plain
  `/gsd-plan-phase` (Nyquist). VALIDATION.md is created during normal
  Nyquist flow, not research-only mode — the bulk replacement was
  wrong for that line.
- get-shit-done/workflows/help.md:89 — signature line was missing
  `--research`; added it alongside `--research-phase` and `--view`.
- tests/bug-3042-3044-...:197 — promptHasView/promptHasSkip were
  tautological (matched anywhere in 1700-line workflow). Tightened
  to a proximity check anchored on "RESEARCH.md already exists" prompt
  header within a 600-char window. Updated workflow to emit that
  literal phrase.
- tests/feat-2840-...:95 — workspace assertion used `/gsd-workspace`
  but the documented replacement is `/gsd-workspace --new`. Tightened
  to require both tokens (in 3 places: requiredCommands list, regex
  in conceptPairs, error message).

6950/6950 full suite pass. Lint clean.

Co-Authored-By: Claude Opus 4.7 <noreply@anthropic.com>

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Co-authored-by: Claude Opus 4.7 <noreply@anthropic.com>

docs/ja-JP/COMMANDS.md

@@ -32,7 +32,7 @@
 
 ---
 
-### `/gsd-new-workspace`
+### `/gsd-workspace --new`
 
 リポジトリのコピーと独立した `.planning/` ディレクトリを持つ分離されたワークスペースを作成します。
 
@@ -52,9 +52,9 @@
 **生成物:** `WORKSPACE.md`、`.planning/`、リポジトリコピー（worktreeまたはclone）
 
 ```bash
-/gsd-new-workspace --name feature-b --repos hr-ui,ZeymoAPI
-/gsd-new-workspace --name feature-b --repos . --strategy worktree  # 同一リポジトリの分離
-/gsd-new-workspace --name spike --repos api,web --strategy clone   # フルクローン
+/gsd-workspace --new --name feature-b --repos hr-ui,ZeymoAPI
+/gsd-workspace --new --name feature-b --repos . --strategy worktree  # 同一リポジトリの分離
+/gsd-workspace --new --name spike --repos api,web --strategy clone   # フルクローン
 ```
 
 ---
@@ -412,15 +412,8 @@
 /gsd-list-phase-assumptions 2       # フェーズ2の前提を確認
 ```
 
-### `/gsd-plan-milestone-gaps`
 
-マイルストーン監査のギャップを解消するフェーズを作成します。
-
-```bash
-/gsd-plan-milestone-gaps             # 各監査ギャップに対してフェーズを作成
-```
-
-### `/gsd-research-phase`
+### `/gsd-plan-phase --research-phase`
 
 詳細なエコシステム調査のみを実行します（単体機能 — 通常は `/gsd-plan-phase` を使用してください）。
 
@@ -429,7 +422,7 @@
 | `N` | いいえ | フェーズ番号 |
 
 ```bash
-/gsd-research-phase 4               # フェーズ4のドメインを調査
+/gsd-plan-phase --research-phase 4               # フェーズ4のドメインを調査
 ```
 
 ### `/gsd-validate-phase`
@@ -610,12 +603,12 @@ GSDの保証付きでアドホックタスクを実行します。
 /gsd-add-todo "Consider adding dark mode support"
 ```
 
-### `/gsd-check-todos`
+### `/gsd-capture --list`
 
 保留中のTodoを一覧表示し、取り組むものを選択します。
 
 ```bash
-/gsd-check-todos
+/gsd-capture --list
 ```
 
 ### `/gsd-add-tests`

docs/ja-JP/FEATURES.md

@@ -386,7 +386,6 @@
 - REQ-MILE-08: 新しいマイルストーンは new-project と同じフロー（質問 → リサーチ → 要件 → ロードマップ）に従わなければならない
 - REQ-MILE-09: 新しいマイルストーンは既存のワークフロー設定をリセットしてはならない
 
-**ギャップクローズ:** `/gsd-plan-milestone-gaps` は監査で特定されたギャップを埋めるためのフェーズを作成します。
 
 ---
 
@@ -763,7 +762,7 @@
 
 ### 29. Todo 管理
 
-**コマンド:** `/gsd-add-todo [desc]`、`/gsd-check-todos`
+**コマンド:** `/gsd-add-todo [desc]`、`/gsd-capture --list`
 
 **目的:** セッション中にアイデアやタスクをキャプチャし、後で作業できるようにします。
 
@@ -1516,7 +1515,7 @@ Claude が GSD ワークフローコンテキスト外でファイル編集を
 
 ### 65. クレーム出所タグ付け
 
-**対象:** `/gsd-research-phase`
+**対象:** `/gsd-plan-phase --research-phase`
 
 **目的:** リサーチのクレームにソースエビデンスのタグを付け、仮定を別途記録します。
 

docs/ja-JP/USER-GUIDE.md

@@ -313,7 +313,7 @@ React/Next.js/Vite プロジェクトの場合、UI リサーチャーは `compo
 
 各ワークストリームは独自の `.planning/` ディレクトリサブツリーを維持します。ワークストリームを切り替えると、GSD はアクティブなプランニングコンテキストを入れ替え、`/gsd-progress`、`/gsd-discuss-phase`、`/gsd-plan-phase` などのコマンドがそのワークストリームの状態に対して動作するようにします。
 
-これは `/gsd-new-workspace`（別のリポジトリワークツリーを作成）より軽量です。ワークストリームは同じコードベースと git 履歴を共有しつつ、プランニングアーティファクトを分離します。
+これは `/gsd-workspace --new`（別のリポジトリワークツリーを作成）より軽量です。ワークストリームは同じコードベースと git 履歴を共有しつつ、プランニングアーティファクトを分離します。
 
 ---
 
@@ -417,8 +417,7 @@ GSD はマークダウンファイルを生成し、それが LLM のシステ
 | `/gsd-insert-phase [N]` | 緊急作業を挿入（小数番号） | マイルストーン中の緊急修正 |
 | `/gsd-remove-phase [N]` | 将来のフェーズを削除して番号を振り直す | 機能のスコープ縮小 |
 | `/gsd-list-phase-assumptions [N]` | Claude の意図するアプローチをプレビュー | プランニング前に方向性を確認 |
-| `/gsd-plan-milestone-gaps` | 監査ギャップに対するフェーズを作成 | 監査で不足項目が見つかった後 |
-| `/gsd-research-phase [N]` | エコシステムの深いリサーチのみ | 複雑または不慣れなドメイン |
+| `/gsd-plan-phase --research-phase [N]` | エコシステムの深いリサーチのみ | 複雑または不慣れなドメイン |
 
 ### ブラウンフィールドとユーティリティ
 
@@ -429,7 +428,7 @@ GSD はマークダウンファイルを生成し、それが LLM のシステ
 | `/gsd-debug [desc]` | 永続状態を持つ体系的デバッグ | 何かが壊れた時 |
 | `/gsd-forensics` | ワークフロー障害の診断レポート | 状態、アーティファクト、git 履歴が破損していると思われる場合 |
 | `/gsd-add-todo [desc]` | 後でやるアイデアを記録 | セッション中にアイデアが浮かんだ時 |
-| `/gsd-check-todos` | 保留中の TODO を一覧表示 | 記録したアイデアのレビュー |
+| `/gsd-capture --list` | 保留中の TODO を一覧表示 | 記録したアイデアのレビュー |
 | `/gsd-settings` | ワークフロートグルとモデルプロファイルを設定 | モデル変更、エージェントのトグル |
 | `/gsd-set-profile <profile>` | クイックプロファイル切り替え | コスト/品質トレードオフの変更 |
 | `/gsd-update --reapply` | アップデート後にローカル変更を復元 | ローカル編集がある場合の `/gsd-update` 後 |
@@ -642,7 +641,6 @@ claude --dangerously-skip-permissions
 
 ```bash
 /gsd-audit-milestone        # 要件カバレッジを確認、スタブを検出
-/gsd-plan-milestone-gaps    # 監査でギャップが見つかった場合、フェーズを作成して埋める
 /gsd-complete-milestone     # アーカイブ、タグ付け、完了
 ```
 
@@ -672,10 +670,10 @@ claude --dangerously-skip-permissions
 
 ```bash
 # モノレポからリポジトリを含むワークスペースを作成
-/gsd-new-workspace --name feature-b --repos hr-ui,ZeymoAPI
+/gsd-workspace --new --name feature-b --repos hr-ui,ZeymoAPI
 
 # フィーチャーブランチの分離 — 独自の .planning/ を持つ現在のリポジトリのワークツリー
-/gsd-new-workspace --name feature-b --repos .
+/gsd-workspace --new --name feature-b --repos .
 
 # ワークスペースに移動して GSD を初期化
 cd ~/gsd-workspaces/feature-b
@@ -795,7 +793,6 @@ Windows でインストーラーが `EPERM: operation not permitted, scandir`
 | コンテキストの喪失 / 新セッション | `/gsd-resume-work` または `/gsd-progress` |
 | フェーズが失敗した | フェーズのコミットを `git revert` して再プランニング |
 | スコープ変更が必要 | `/gsd-add-phase`、`/gsd-insert-phase`、または `/gsd-remove-phase` |
-| マイルストーン監査でギャップを発見 | `/gsd-plan-milestone-gaps` |
 | 何かが壊れた | `/gsd-debug "description"` |
 | ワークフロー状態が破損している可能性 | `/gsd-forensics` |
 | ターゲットを絞った修正 | `/gsd-quick` |